学科工具是信息技术与具体学科深度融合、用以辅助教师教学和学生学习的软件系统。与Flash和PPT等普通的软件相比，学科工具更能把握各个学科的具体特点以及不同学科教学和学习对信息技术的不同需求。所有学科工具均与盘古课堂教学平台有机结合，也可根据需要单独使用。
基于动态几何技术，实现代数运算、函数作图、几何作图、图形变换、动画、测 量、跟踪和几何定理自动推理等多个功能，涵盖代数、平面几何、立体几何和解析几何等知识点。通过直观、形象、生动的展示和交互式操作，帮助学生更加深刻地理解数学问题的本质，让学生学习数学的过程更容易、更有趣，同时也能减轻教师教学的负担。
物理和化学是以实验为基础的自然学科，加强实验教学非常必要。通过该系列仿真实验平台，能够为学生理解理化概念和规律提供生动的情景，提高学生的动手能力和探索精神，并能在一定程度上弥补我国在中学理化实验教学中存在的一些不足。
《物理仿真实验软件》主要包括力学和电学两个主要模块，软件将物理定律内置，用户可以快捷简便的制作相关的实验案例。
《化学仿真实验软件》仿真制作了一系列直观的化学实验。用户通过化学反应的现象，可以加强对化学实验原理的掌握。
在国家科技支撑计划课题《音乐数字化集成服务示范》的支持下，相继开发了基本乐理教学软件、虚拟钢琴工具与音乐可视化工具。集成了教与学的诸多元素，实现了实时音乐教学、音乐弹奏与录制、实时打谱等多项功能，极大地丰富传统音乐教学手段。
秉承教师讲授用图与学生知识点图相伴始终的理念，采用最新GIS技术以矢量方式，集成地图底图、图形符号、媒体动画、图文音像等资源，提供矢量缩放、图形交互绘图、地理区域填充、地图矢量剪切、历史地理信息融合等基本功能，实现讲授与教学过程中对知识点的交互，以达到直观而深刻的理解，满足个性、生动而全面的教学需求。
